後に町の守護聖人とされる、聖ヨハネに捧げられた寺院の起源は今でも明らかになっていません。言伝えによると、ローマ時代に発見されマース神に捧げられました。事実、いくつものサルコファギがこの地方から発見されており、それらは現在ドォーモオペラ美術館に保存されています。また中世の歴史家達がベッキオ橋入り口部分に立っていたと主張するマース神の彫刻もこの地方で発見されました。しかし、建物はプレアトリウムでその像は異邦人のものだという学者達もいます。
ダンテは彼自身、彼の「美しいサンジョヴァンニ」（地獄、カントーXIX）はローマの伝統的な建物だと宣言しています。事実、今世紀に行われた発掘調査で、礼拝堂とその北東に建てられたカテドラルの地下部分からローマ遺跡が発見されています。
4-5世紀にさかのぼるサンジョヴァンニ礼拝堂の基礎は、明らかにこのさらに古い建築物の上に建てられています。八辺形の形、2つの低い柱、丸屋根(すなわち基本的な建築特徴)の屋根裏と追出石。これらの特徴はキリスト教世界でも早い時期にさかのぼるものです。そして、ランゴバルド整備期間中7世紀かけて取り替えられたかあるいは完成したものです。