Les origines du temple dédié à St Jean le Baptiste, par la suite patron saint de la ville, sont encore incertaines. Selon la tradition, il aurait été fondé lors des périodes romaines et dédié au dieu Mars. Plusieurs sarcophages ont été trouvés dans cette zone, aujourd'hui dans le musée de l'Opéra Del Duomo se trouve la célèbre statue de Mars, dont les chroniques médiévales nous indiquent qu'ils étaient à l'entrée du Ponte Vecchio. Cependant, quelques disciples pensent que le bâtiment était le Praetorium et que la statue est celle d'un d'un roi barbare. 

Dante lui-même a déclaré que son "beau San Giovanni" (enfer, chant XIX) était un bâtiment romain classique ; les excavations effectuées durant ce siècle ont découvert les restes des constructions romaines sous le baptistère et la cathédrale. Ces restes étaient construits dans la zone Nord-Est du premier anneau des murs.