Die Taufkirche ist dem Heiligen Johannes der Täufer geweiht, der später Stadtpatron von Florenz wurde, und die Ursprünge der Kirche liegen weitestgehend im Dunkeln. In römischer Zeit stand hier wohl ein dem Kriegsgott Mars geweihter Tempel. Eine Reihe von Sarkophagen wurden in diesem Bereich gefunden, die sich heute im Dommuseum befinden (Museo dell'Opera del Duomo). Auch die berühmte Marsstatue ist hier zu sehen, die wie in mittelalterlichen Chroniken berichtet wird, einst vor der Ponte Vecchio stand. Dennoch glauben einige Historiker, dass es sich bei diesem Gebäude ursprünglich um das Praetorium handelt und die Statue einen Barbarenkönig darstellt.
Dante selbst erklärte, dass dieses "wunderschöne San Giovanni" (Inferno, Canto XIX) ein antikes römisches Gebäude war, Ausgrabungen in diesem Jahrhundert haben in der Tat Reste römischer Fundamente unter dem Baptisterium und dem Dom ans Licht gebracht, hier befinden wir uns im nörd-östlichen Gebiet innerhalb der ersten Stadtmauern.